تعتبر الرقابة من أهم الأسس لإدارة الثروة السمكية من خلال حمايتها من الاستنزاف وتطوير القطاع بشكل عام من خلال متابعة الالتزام بقانون الصيد البحري ولائحة التنفيذية، وتم وضع آلية لأعمال الرقابة تعمل على مراجعة بيانات تراخيص الصيد للسفن والقوارب والعاملين بها والهواة، وتنظم عمل مراقبي سفن الصيد التجاري ودراسة تقاريرهم. ومراقبة سفن الصيد التجاري للتأكد من عملها في أماكن الصيد المحددة لها، ومتابعة عملية الإشراف على مراقبة الشواطئ للتأكد من صلاحية تراخيص الصيد للقوارب والسفن والصيادين.

 ودعما للجهود التي تقوم بها وزارة الزراعة والثروة السمكية لإدارة قطاع الصيـد وحماية الثروة السمكية لضمان استدامة هذا المورد واستنادا لأحكام المادة (25) من قانــون الصيـد البحري وحمايـة الثروة المائيـة الحيـة الصادر بالمرسـوم السلطانـي رقـم 53 /81 والمعدل بالمرسوم السلطاني رقـم 59/93 فان المديريـة العامة للثروة السمكيـة تعتبر هي السلطة المختصة بتنفيذ أحكام القانـون ولائحته التنفيذية وتباشر دائـرة الرقابة والتراخيص السمكية صلاحية أعمال إصدار وتجديد تراخيص الصـيد والأنشطة السمكية ذات الصلة وكذا أعمال الرقابـة على المصايد السمكية والأنشطـة المرتبطة بها 0 وفي سبيل القيام بهذه الصلاحيات نصت أحكام قانون الصيد البحــري على الاستعانة بشرطة عمان السلطانية والجهات الحكومية الأخرى ، كما تم إصدار القرار الوزاري رقــم 35/2003 من معالي وزير العدل بتخويل صفة الضبطية القضائية للمراقبين التابعين الوزارة الزراعة والثـروة السمكية والمكلفيـــن بالقيام بأعمال الرقابة على المصايد السمكيـة.

التراخيص السمكية :

 إصدار وتجديد تراخيص الصيد البحري بكافة أنواعها وهي: ترخيص مزاولة مهنة الصيد وترخيص قارب صيد وترخيص سفينة صيد حرفي ، وترخيص نقل أسماك سنوي ولرحلة واحدة وترخيص هواة الصيد سنوي وليوم واحد وترخيص بحار أو فني على سفينة الصيد الحرفي وترخيص سفينة صيد تجاري ، حيث نظم قانون الصيد البحري ولائحته التنفيذية إصدار وتجديد التراخيص والرسوم المقررة لها

رقابة الصيد الحرفي :

الإشراف والرقابة على قطاع الصيد التقليدي والذي يشكل فيه صيادي وناقلي الأسماك محور الاهتمام لتطوير قطاع الصيد بشكل عام ويقوم القسم بمتابعة التزام الصيادين بقانون الصيد البحري ولائحة التنفيذية من حيث الحصول على تراخيص الصيد البحري وحملها وتجديدها كما يقوم برقابة استخدام شباك ومعدات الصيد غير المصرح باستخدامها ورقابة صيد الأسماك الممنوع صيدها في مواسم محددة و تراخيص هواة الصيد ورقابة استخدام العمالة الوافدة في قطاع الصيد الحرفي وهو القطاع الرئيسي لاستغلال المصايد السمكية حيث يساهم بنسبة لا تقل عن 89 % من حجم الإنتاج السمكي في السلطنة.

رقابة الشركات ومصانع الأسماك :

 القيام بالأعمال الرقابية الخاصة بشركات ومصانع الاسماك وكافة الشركات الاخرى ذات الأنشطة المرتبطة بقطاع الثروة السمكية او تلك التي تتعامل مع بعض أنواع الاسماك التي تحكمها بعض الضوابط الخاصة مثل الشارخة والروبيان والصفيلح ، وتهدف الزيارات الرقابية الميدانية التي ينفذها القسم سواء من خلال الفرق الرقابية في المناطق او تكليف بعض المراقبين الى التأكد من التزام كافة الجهات المستهدفة بكافة القوانين والنظم المنصوص عليها في قانون الصيد البحري ولائحته التنفيذية والقرارات الوزارية ذات الصلة.